廈門市博物館于1983年籌建，1988年正式對外開放，舊館原址位于鼓浪嶼的八卦樓。

2006年6月，經(jīng)中共廈門市委機構(gòu)編制委員會批準，將廈門市鄭成功紀念館、廈門市文化遺產(chǎn)保護中心并入廈門市博物館，如今的廈門市博物館由廈門博物館主館、鄭成功紀念館、廈門經(jīng)濟特區(qū)紀念館、廈門市文化遺產(chǎn)保護中心、思明破獄斗爭陳列館、陳化成紀念館、陳勝元故居七個部分組成，為全民所有制事業(yè)單位，隸屬廈門市文化局管理，是一座地方綜合性博物館。

2007年新館遷至位于廈門市思明區(qū)體育路95號的廈門文化藝術(shù)中心，新館建筑面積25300平方米，展廳面積9597平方米，庫房面積2800平方米，新館較之舊館建筑面積擴大6倍。

廈門市博物館還致力于閩臺兩岸及傳世珍貴文物的收藏、保護、研究、陳列，利用博物館直觀的展品，宣傳文物政策，普及文物知識，弘揚中華民族的傳統(tǒng)文化，進行愛國主義教育。